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Semi-Static Algorithms for Data Replication and Scheduling Over the Grid

Antoine — 2007-07-19T08:42:26Z

Abstract : Managing large datasets has become one major application of grids. Life science applications usually manage large databases that should be replicated to let applications scale. The growing number of users and the simple access to Internet-based applications has stressed grid middlewares. Such environments are thus asked to manage data and schedule computation tasks at the same time. These two important operations have to be tightly coupled to get the best results.
This paper (...) - Publications / international, conference

Les notes - 1ère session

Antoine — 2007-06-21T14:02:49Z

Voilà les notes obtenues pour le rapport de TP et l'exam. A chaque fois, elle est constituée de deux notes (une pour la partie info, une pour la partie analyse bio) dont on fait la moyenne.
La note finale est calculée suivant la formule : (2*EXAM + TP)/3.
; TP HTML ; TP Analyse ; Exam model ; Exam Analyse ; TP ; EXAM ; TOTAL ; Andrieu ; Anaïs ; 13 ; 11,5 ; 11 ; 11 ; 12,25 ; 11,00 ; 11,42 ; Berthon ; Annabel ; 15 ; 14,5 ; 17 ; 19,5 ; 14,75 ; 18,25 ; 17,08 ; Blehaut ; Jean-Baptiste ; 13 (...) - Internet Scientifique

Examen

Antoine — 2007-05-21T11:59:09Z

L'examen du module "Internet Scientifique" aura lieu le 24 mai 2007 à 9h en salle SL8. Il s'agit d'un examen sur feuille portant sur tout ce qui a été vu en cours et en td.
Bonne révision ! - Internet Scientifique

Advanced OptorSim s'installe sur lipforge

Antoine — 2007-03-05T14:00:35Z

Lipforge a accepté d'héberger le projet AdvancedOptorsim.
Que vous soyez utilisateur, développeur, ou simple curieux, rejoignez nous sur la page dédié au projet : https://lipforge.ens-lyon.fr/projects/advancedoptor/ - Advanced OptorSim

Annotation de séquence

Antoine — 2007-03-01T20:17:07Z

Projet L'objet de ce projet est de réaliser l'analyse bioinformatique d'un fragment d'ADN isolé du génome de Streptomyces scabies.
Vous devrez notamment proposer :
une annotation structurale de la séquence,
une annotation fonctionnelle (interrogation des bases de données publiques généralistes, domaines…),
replacer votre analyse dans son contexte biologique en précisant :
les caractéristiques écologiques de l'organisme étudié,
les propriétés / fonctions des éléments géniques (ou autres) que vous avez (...) - Internet Scientifique

L'historique

Antoine — 2007-02-28T15:47:36Z

AdvancedOptorsim a parcouru beaucoup de chemin avant d'aboutir à ce qu'il est maintenant. En voici un petit historique des grnades lignes de modification du (reconstruit à partir des logs CVS :-)
fin 2003 : pour les besoins de ma thèse, j'ai besoin d'un simulateur de grille. Optorsim, dédié à la gestion des données, semble être un bon candidat.
mars 2004 :
création d'un CVS pour accueillir les modifications apporter au simulateur
gestion des éléments de calculs sous forme de systeme batch (...) - Advanced OptorSim

Le projet GriPPS

Antoine — 2007-02-26T14:10:27Z

Le projet GriPPS est un projet de recherche à l'interface de la Biologie et de l'Informatique. Les domaines de recherche concernés sont respectivement la génomique et les architectures informatiques distribuées.
Ma thèse se situe dans le cadre du projet GriPPS (Grid Pattern Protein Scanning) soutenu par l'ACI GRID 2002 (Action Concerté Incitative "Globalisation des Ressources Informatiques et des Données") du Ministère de la Recherche.
Le projet GriPPS est un projet de recherche à l'interface de la (...) - Thèse

Gestion de données dans les {NES}

Antoine — 2007-02-22T19:40:23Z

@ConferenceCDDV04, author = Caron, Eddy and Desprez, Frédéric and Del-Fabbro, Bruno and Vernois, Antoine, title = Gestion de données dans les NES, booktitle = DistRibUtIon de Données à grande Echelle. DRUIDE 2004, year = 2004, address = Domaine du Port-aux-Rocs, Le Croisic. France, month = may, pages = 23-32, organization = IRISA, national = FR - Publications / conference, national

Needleman & Wunsh

Antoine — 2007-02-22T19:11:22Z

L'algorithme de Needleman et Wunsch permet de réaliser un alignement global entre deux chaines deux caractères.
Le document joint est une proposition d'implémentation de l'algorithme en C. - TP C

Pérennité des données dans les systèmes de stockage pair-à-pair

Antoine — 2007-02-22T17:23:27Z

@ArticleTSIAV, author = Antoine Vernois, title = Pérennité des données dans les systèmes de stockage pair-à-pair, journal = Technique et Science Informatique (TSI), volume = 24/5, pages = pp.567-590, year = 2005, where = TSI, - Publications / journal, national