projet HCMD (Help Cure Muscular Dystrophy) : Il s'agit d'étudier la modélisation des interactions protéine-protéine de protéines dont la structure tridimensionnelle (structure 3D) est connue, en se concentrant sur les protéines qui jouent un rôle dans les maladies neuromusculaires. Les informations obtenues seront rassemblées dans une base de données pour aider les chercheurs à concevoir les molécules susceptibles d'inhiber ou de favoriser la liaison de molécules particulières. L'objectif est de pouvoir trouver des traitements contre les myopathies et d'autres pathologies neuromusculaires.

L'approche proposée dans ce projet combine l'utilisation d'informations évolutionnistes (comment l'évolution a modifié les protéines pour améliorer leurs fonctions) et la modélisation moléculaire (détermination par calculs informatiques de la position relative de deux partenaires qui interagissent entre eux) pour identifier des interactions potentielles entre deux protéines.

Pour des structures complexes comme les protéines (les plus petites sont composées de centaines d'atomes), la modélisation par des moyens informatiques des interactions protéine-protéine demande beaucoup de temps.Ainsi, pour les 168 protéines sélectionnées initialement dans le projet, le temps de calcul nécessaire pour un ordinateur PC à 2 GHz a été estimé à plus de 14 siècles.

Le projet HCMD, dirigé par le Dr. Alessandra Carbone de l'Université "Pierre et Marie Curie" de Paris, est associé à des équipes spécialisées utilisant les grilles de calcul distribué (Jean-Marie Chesnaux du CNRS : Centre National français de la recherche scientifique), modélisation moléculaire (Richard Lavery, du CNRS), et analyse génétique des myopathies (Pascale Guicheney de l'INSERM, l'institut public français de recherche sur la santé).

Devant la quantité énorme de calcul demandé par ce projet, la grille Décrypthon composé de super-calculateurs n'est pas adapté; Nous nous sommes tourner vers l'équipe du WorldCommunityGrid qui est en quelque sort l'équivalent de programme Décrypthon avec cependant une différence majeure : Ils utilisent une grille de calcul volontaire : Elle se compose des ordinateurs des internautes qui désirent aider la recherche scientifique en offrant la puissance de leur machine lorsque celle-ci n'est pas utilisée.

• Biologie computationnelle : équipe d' Alessandra Carbone , Génomique analytique, Laboratoire de l'INSERM U511, Faculté de médecine, Université "Pierre et Marie Curie", Paris.
• Grille de calcul distribué : équipe de Jean-Marie Chesneaux , Laboratoire d'informatique de Paris 6 (LIP6), Laboratoire du CNRS UMR 7606, Université "Pierre et Marie Curie", Paris.
• Myopathies : équipe de Pascale Guicheney , Laboratoire de l'INSERM U582, Institut de la myologie, Hôpital de la "Pitié-Salpêtrière", Paris.
• Modélisation moléculaire : équipe de Richard Lavery , Laboratoire de biochimie théorique, Laboratoire du CNRS UPR9080, "Institut de Biologie Physico-Chimique", Paris.

Depuis le 19 Décembre 2006, le projet HCMD est lancé sur la grille de calcul volontaire WorldCommunityGrid.

Ce projet se composera de deux phases :

• Phase I : 168 protéines appartenant à une base de données de référence sont appariées 2 à 2. Les résultats de cette première étape permettront par la suite aux chercheurs de réduire l'espace d'exploration aux seules zones pertinentes.
• Phase II : à partir des résultats de la phase I, les algorithmes permettant de faire un tri sur les zones pertinentes sera validé sur un ensemble de 4000 protéines